全年实现农业总产值 52.2 亿元，比上年下降 4.8%。其中，种植业产值 28.8 亿元，增长 5.4%；林业产值 3 亿元，下降 57.1%；畜牧业产值 6.6 亿元，下降 9.5%；渔业产值 11.1亿元，增长 4.7%；农业服务业产值 2.7 亿元，增长 1.8%。

2020 年，水稻种植补贴面积 26.9万亩，机械化种植补贴面积 25.0 万亩，水稻耕种收综合机械化率 97.9%。全国绿色食品原料（水稻）标准化生产基地19.7 万亩。蔬菜全年在田面积 11.6 万亩，其中露地栽培 8.3 万亩，设施栽培 3.3 万亩。蔬菜及经济作物播种面积 40.9 万亩次，其中蔬菜播种 39.3 万亩次。共建成规模化蔬菜生产基地 42 个。辖区水果总生产面积 6.5 万亩，其中柑橘 4.3 万亩，占 66.0%。生猪存栏约 10.8 万头，同比增长 119.6% ； 肉猪出栏 5.1 万头，同比下降 61.2%。家禽存栏约 110.2 万羽，比上年增长 0.3%；出栏 179.4 万羽，同比增长 8.1%。鲜蛋产量 4396 吨，与上年基本持平。奶牛存栏约 4131 头， 同比增长 26%，因新冠疫情影响，奶牛进口牧草受阻，鲜奶产量 13188 吨，同比下降 4.2%。白山羊存栏约 9.5 万头，同比增长 3.9%；出栏 9.8 万头，同比增长 3.2% 。全区畜牧业生产总值约 6.6 亿元，同比下降 9.5%。

2020 年，全区渔业总产量 4.2 万吨， 渔业总产值 11.1 亿元。其中近海捕捞总产量约为 1.1 万吨，总产值约为 2.6 亿元；淡水养殖总产量 3.1 万吨，总产值约为 8.6 亿元。

目前，全区农村土地流转面积52.52 万亩，土地流转率达 93%。累计举办 7 场招商项目专家论证会，共有 65 个农业招商项目顺利通过专家论证，涉及面积 15351 亩。全区种植业绿色食品认证企业达 267 家，共 460 个产品，种植业绿色食品认证率达 90%以上，居全市首位。《中国农业绿色发展报告 2019》显示，崇明农业绿色发展指数达 89.59%，位列全国第一。主要农作物秸秆资源化利用率达 96.5%以上。全区（含光明集团崇明农场）规模化畜禽场粪污收集处置利用设施配套率达 100%，畜禽粪便资源化利用率达 100%。在 12 个乡镇（农业园区）推进绿色生产技术，共推广应用生物炭菌肥改良土壤 3800 亩，实施水肥一体化改造 5280 亩，落实绿色防控 26000 亩。深化“两无化”生产体系，遴选 8 个“两无化”水稻生产基地，遴选建立 3 个“两无化”柑橘生产模式试验点，确定 2 家蔬菜“两无化”创建基地，制定高标准蔬菜“两无化”生产操作指南， 年生产规模达 1000 亩次。

以 14 个重大农业项目为牵引，努力实现农业基础设施高效配套，引领产业集聚、项目集中。 推动经营主体提质升级，认定 5 家博士农场、120 家区级农民专业合作社示范社评定、25 家农业产业化区级重点龙头企业。全区共 344 名新型职业农民通过认定,其中专业技能型221 名，专业服务型 123 名。积极引培国内外花卉企业，共引进 8 家优质花卉龙头企业，落地企业项目总投资近 25 亿元。

完成 2019 年度 35 个行政村村庄改造任务，全面启动最后一批 40 个行政村村庄改造，惠及农户 3.3 万户。完成 269 个行政村“五棚”整治。完成 3个 2019 年度市级乡村振兴示范村项目建设并通过市级复核，完成 15 个区级乡村振兴示范村成效评审。加快推进 5 个 2020 年度市级乡村振兴示范村、15 个区级乡村振兴示范村开工建设。遴选 12 个村开展市级美丽乡村示范村创建，参加市级评审。截至目前，累计推进 34 个区级乡村振兴示范村建设，其中 9 个村被列为市级示范村。成功创建市级美丽乡村示范村 24 个、区级示范村 80 个。