崇明区由崇明、长兴、横沙三岛组成，陆域总面积1411平方公里。崇明岛位于中国海岸线中点地区，地理位置在东经121°09′30〃至121°54′00〃，北纬31°27′00〃至31°51′15〃，地处中国最大河流长江入海口，是世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿。素有“长江门户，东海瀛洲”之称。全岛三面环江，一面临海，西接长江，东濒浩瀚东海，南与浦东新区、宝山区及苏省太仓市隔水相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。全岛面积1267平方公里。东西长80公里，南北宽13至18公里。
　　崇明岛成陆有近1400年历史。唐武德年间（618～626年），长江口露出两座沙洲，相隔70余里，史称西沙、东沙。据说武则天万岁通天年间（696～697年），始有渔民、樵夫在西沙农耕定居。五代十国时期，杨吴于天祚三年（937年）在西沙设立崇明镇，辖于静海都镇遏使（今南通），这是崇明有建置的开始。显德五年（958年），后周军队攻下南唐在江北的所有领地，暂时废除崇明镇建置。北宋初又恢复崇明镇，隶属于通州海门县。北宋天圣三年（1025年），续涨出姚刘沙并逐渐与东沙接壤。建中靖国元年（1101年），于姚刘沙西北50余里处涨出三沙。南宋嘉定十五年（1222年），将姚刘沙废弃的韩侂胄庄园设立为天赐盐场，隶属于淮东制置司。至宋代，在西沙逐渐形成平等、道安、释乐3个村，之后渐有坍塌。元朝至元十四年（1277年），崇明升为州，隶属扬州路，在姚刘沙天赐盐场建立州城。改崇明镇为西沙巡检司，仅存的道安村改为道安乡。姚刘沙不断南坍北涨，元至正十二年（1352年），旧城坍没，州城一迁于原址北15里处。元末明初，东沙坍没大半。
　　明洪武二年（1369年），崇明降州为县，仍隶扬州路。洪武八年（1375年），改隶苏州府。建文年间（1399～1402年），在三沙西南30余里处涨起平洋沙。永乐十八年（1420年），城南为海潮坍迫，县城二迁于北10里处秦家符。弘治十年（1497年），兼隶太仓州。正德年间（1506～1521年），长沙露出水面，在平洋沙东南，该沙成陆后位置基本未产生迁移。在此期间，姚刘沙与西北三沙连成一片，而西沙坍塌仅剩道安一个乡。嘉靖八年（1529年），秦家符旧城坍没于海，县城三迁于三沙马家浜，该城存在20多年就坍塌。嘉靖二十九年（1550年）左右，姚刘沙坍没，三沙始坍。嘉靖三十四年（1555年），县城四迁于平洋沙，存在近30年。万历十一年（1583年），平洋沙始坍，后来坍存部分渐与长沙接壤。万历十六年（1588年），县城五迁于长沙，城周方圆4里7分，之后一直延续至今。
　　至明末清初，长沙开始连成一个大岛，并持续涨积。清康熙元年（1662年），三沙坍没无存。雍正二年（1724年），崇明隶于太仓州。明清时期，又有大安沙、高明沙、享沙、日隆沙、富民沙等许多小沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化。至晚清时，以长沙为主体基本形成现今崇明岛形状。民国时期，先后隶属于江苏南通、松江。1949年6月2日崇明解放，隶属江苏南通专区。1958年12月1日，改隶上海市。至2015年底，崇明是上海16个区县中唯一的县。2016年7月，崇明撤县设区。
　　长兴岛成陆于清咸丰年间（1851～1861年），至今150年左右。横沙岛形成于清光绪年间（1875～1908年），有120多年历史。2005年5月18日，经上海市人民政府报请国务院批准，原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区域，整建置划入崇明县。2009年11月18日，长兴撤乡建镇。
　　至2016年底，崇明区辖有16个镇和2个乡，区政府所在地城桥镇是全区政治、经济和文化中心。